Search academic texts

Information × Registration Number 0408U004461, Candidate dissertation Status к.б.н. Date 28-10-2008 popup.evolution o Title Development of technology of organic molecules to biomolecular targets affinity estimation in field of high-throughput receptor-based in silico screening Author Yakovenko Oleksandr Yaroslavovych, popup.head Bdzhola Volodymyr Grygorovych popup.head Govorun Dmytro Mykolajovych popup.opponent Тукало Михайло Арсентійович popup.opponent Нипорко Олексій Юрійович Description Об'єкт - технологія передбачення афінності низькомолекулярних органічних сполук до молекулярно-біологічних мішеней, включаючи алгоритми їхньої комп'ютерної реалізації; мета - створення на базі нових фізико-хімічних моделей оригінальних методів потокового рецепторно-орієнтованого передбачення афінності органічних сполук до молекулярно-біологічних мішеней з поліпшеними прогностичними можливостями та розробка обчислювально простих і ефективних алгоритмів їхньої комп'ютерної реалізації; методи - гнучкого докінгу, деформованого багатогранника (симплекс), найкоротшого спуску, Ньютона, квазіньютонівським і l-BFGS, квантово хімічні, силових полів, а-сфер, тріангуляція Делоне, GBSA, функції розподілу станів лігандів за ступенями вільності; новизна - вВдосконалено метод релаксації електронегативностей за Кіргофом: сформульовано та параметризовано нову модель емпіричного розрахунку точкових атомних зарядів органічних сполук шляхом релаксації електронегативностей за формалізмом Кіргофа, створено нове силове поледля оцінки енергії міжмолекулярних взаємодій низькомолекулярних органічних сполук із молекулярно-біологічним мішенями на основі розробленого методу розрахунку точкових атомних зарядів, розроблено нову модифікацію GBSA-методу обчислення енергії, необхідної для перенесення низькомолекулярної органічної сполуки з водного середовища у неполярну кишеню центру зв'язування біополімеру, запропоновано оригінальну модель передбачення афінності низькомолекулярних органічних сполук до молекулярно-біологічних мішеней, яка адекватно враховує зміну ентропії при утворенні комплексу, для потреб ВПВС in silico створено обчислювально прості алгоритми комп'ютерного передбачення афінності низькомолекулярних органічних сполук до молекулярно-біологічних мішеней та перевірено їх ефективність на репрезентативній вибірці лігандів, для яких відомі експериментально встановлені константи зв'язування, створено лабораторний програмний комплекс для потокової оцінки спорідненості низькомолекулярних органічних сполук до молекулярно-біологічних мішеней. Із застосуванням розробленої технології ідентифіковано нові високоефективні інгібітори протеїнкінази СК2; галузь - біотехнологія. Registration Date 2008-10-28 popup.nrat_date 2020-04-04 Close