Search academic texts

Information × Registration Number 0419U004659, Candidate dissertation Status Кандидат біологічних наук Date 22-10-2019 popup.evolution o Title Molecular dynamics of leucyl-tRNA synthetase complexes of bacterial and archaeal types with erroneously synthesized products of aminoacylation reaction Author Raievskyi Oleksii volodymyrovych, popup.head Tukаlo Mykhаilo A. popup.opponent Vovk Andriy I. popup.opponent Sivolob Andriy V. popup.review Savytskyi Oleksandr V. popup.review Sivolob Andriy V. Description У результаті дослідження структурних основ селективності амінокислот у аміноацилювальному сайті LeuRS із T. thermophilus ми показали картину зв'язування субстратів аміноацилювання, амінокислот та АМР, що обумовлють ймовірність утворення аміноациладенілатів. Було показано, що екранування бічним радикалом Tyr43 є механізмом захисту вже утворених амноациладенілатів (пре-трансферних субстратів) від гідролізу в процесі претрансферного редагування помилково синтезованих продуктів. Для моделювання процесу пост-трансферного редагування у СР1-домені LeuRS було підібрано та перевірено алгоритм R.E.D.III обрахунку точкових зарядів при генеруванні топології для структур аміноацил-тРНК. Протокол підготовки, запуску та аналізу результатів молекулярної динаміки було відпрацьовано, спираючись на результати біохімічних експериментів для систем LeuRS з T.thermophilus (I клас синтетаз) та ProRS з E.faecalis (II клас синтетаз). В результаті аналіз траєкторій бактеріальної та архейної LeuRS підтвердив, що субстрат Nva-A76 зв'язується міцніше, ніж Ile-A76. З іншого боку, наша симуляція показала що причиною різниці в швидкості гідролізу для Nva-tRNALeu та Ile-tRNALeu у СР1-доменах LeuRS T.thermophilus та P. Horikoshii є бічний ланцюг Ile-A76, що стерично перешкоджає наближенню атакуючої молекул води і призводить до значного зниження швидкості гідролізу. Молекулярна динаміка мутантної форми LeuRSTt із критичною для реакції редагування заміною Asp347Ala продемонструвала важливість 3'-OH групи A76 tRNALeu та ОН-групи бічного ланцюга Тhr247, що відрізняється від результатів опублікованих розрахунків. На основі отриманих даних нами також запропонований механізм гідролізу Nva-A76 в LeuRSPh, схожий на представлений механізм для LeuRSTt, із різницею у просторовій орієнтації молекул води. Registration Date 2019-10-22 popup.nrat_date 2020-04-03 Close