Registration Number
0823U101923, PhD dissertation
Status
Доктор філософії
Date
29-02-2024
popup.evolution
o
Title
Structure, functions, and molecular mechanisms of inhibition of the hemostasis’ key proteins’ active sites.
Author
Oleksii O. Hrabovskyi,
popup.head Chernyshenko Volodymyr O.
popup.opponent Halenova Tetiana I.
popup.opponent Gurmach Vasyl V.
popup.review Artem O. Tykhomyrov
popup.review Serhiy O. Kosterin
popup.rada
Palladin Institute of Biochemistry of the National Academy of Sciences of Ukraine
Description
Система гемостазу – сукупність судинних, тромбоцитарних і гуморальних компонентів плазми крові, які забезпечують швидку зупинку кровотечі при пошкодженні судини. Порушення регуляції та надмірна активація тромбіну в кровотоці призводить до внутрішньосудинного формування полімерного фібрину і – як наслідок – тромбозів. Вивчення молекулярних механізмів тромбоутворення є актуальним завданням біохімії, а пошук шляхів ефективного запобігання утворенню тромбу в судині – важливе питання сучасної медицини та біохімії. Тому метою роботи було дослідження структури, функцій та способів інгібування сайтів міжмолекулярних взаємодій таких ключових сайтів/мішеней: центрів полімеризації фібрин(оген)у, активного центру фактора Ха та урокінази.
Нами було отримано потрійний комплекс молекули фібрину desAB, D-димеру і D-фрагменту. Встановлено, що взаємодія між фібрином і D-димером, в основному, забезпечується взаємодією між центрами полімеризації “А” - “а”, в той час як D- фрагмент зв’язується з фібрином завдяки центру полімеризації “B”. На основі отриманих даних було побудовано нову модель галуження протофібрил, яка полягає в тому що “B”-центр полімеризації (Вβ15-18), який належить молекулі фібрину першої протофібрили, зв’язується з D-регіоном фібрину другої протофібрили. Вперше досліджено міжмолекулярні взаємодії низки сполук калікс[4]аренового ряду з молекулою фібрину. За допомогою молекулярного докінгу та динаміки встановлено ключові взаємодії між цими лігандами та N-кінцевою частиною Аα-ланцюга фібрину, що пояснює інгібіторний вплив на першу стадію полімеризації. Додатково було розраховано енергію зв’язування, що підтверджує отримані нами експериментальні результати про відмінність в активності сполук залежно від кількості залишків бісфосфонової кислоти. Вперше було досліджено і пояснено вплив пептидів, що імітують послідовності суперспіральної ділянки молекули фібрину, на полімеризацію фібрину. Показано вплив пептидів окремо та у суміші на продовження lag-фази полімеризації фібрину, встановлено сайт зв’язування пептидів та структуру цих комплексів. Проведено віртуальний скринінг інгібіторів фактора Ха та урокіназного активатора плазміногену та визначено їх активність за допомогою хромогенних субстратів. Було досліджено вплив інгібіторів фактора Ха на агрегацію тромбоцитів, зсідання збагаченої тромбоцитами плазми крові людини під дією реагенту АЧТЧ та in vivo. Для інгібітора урокінази було досліджено його вплив на проліферацію пухлинних клітин MDA-MB-231.
Registration Date
2023-12-20
popup.nrat_date
2024-03-26 / 2026-07-01
