Search academic texts

Information × Registration Number 0825U002937, PhD dissertation Status Доктор філософії Date 05-09-2025 popup.evolution o Title Bioinformatic analysis and modeling of the protein complex responsible for phagosome-microtubule association in plant cells Author Illia Bulhakov, popup.head Yaroslav B. Blume popup.opponent Oleksii Y. Nyporko popup.opponent Halyna Shevchenko popup.review Anastasiia Y. Buziashvili popup.review Anastasiia M. Rabokon Description Дисертаційна робота присвячена формуванню уявлення про перебіг та ключові ланки процесу ініціації аутофагії у рослин на прикладі A.thaliana; визначенню подібності рослинних білків до більш відомих гомологів або ортологів з клітин тварин та дріжджів; моделюванню низки ATG білків з подальшим передбаченням організації їх у комплекси in silico; встановленню особливостей міжбілкових взаємодій із можливим підтвердженням стабільності досліджуваних мультимерних комплексів, що передують збиранню PAS–преаутофагосомної структури на етапі ініціації аутофагії. У роботі визначено тривимірні структури ключових білків, пов’язаних із ініціацією аутофагії в клітинах A. thaliana. Методами in silico ідентифіковано основні ділянки взаємодії між білками ATG та їхніми платформами (мембранами, мікротрубочками), а також проаналізовано вплив ацетилювання на ATG8 та тубуліни. Розроблено комп’ютерні моделі та протоколи для подальшого дослідження механізмів посттрансляційних модифікацій. Визначено та валідовані на різних об’єктах, із кореляцією відносно експериментальних даних, оптимальні параметри різних біоінформатичних інструментів та необхідні налаштування для процедур докінгу, симуляцій. Алгоритми штучного інтелекту були використані для перехресної валідації перед проведенням всебічної перевірки молекулярної динаміки. В результаті було створено набір оптимізованих білкових конструкцій для моделювання білкових взаємодій та аналізу молекулярної рухливості за допомогою методів in silico. Registration Date 2025-07-14 popup.nrat_date 2025-07-14 Close