Пошук академічних текстів

Інформація × Реєстраційний номер 0211U002894, 0110U004853 , Науково-дослідна робота Назва роботи Розробка нових методів грід-обчислень з високим ступенем паралелізації для системного аналізу процесів відновлення печінки через моделювання мережі генної регуляції на основі широкомасштабного визначення експресії генів Назва етапу роботи Керівник роботи Оболенська Марія Юріївна, Дата реєстрації 09-03-2011 Організація виконавець Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Опис етапу Підготовлено теоретичну основу для розробки алгоритмів моделювання та реконструкції мереж генної регуляції; обрано платформу порівняння точності методів моделювання мереж генної регуляції та їх алгоритмічних реалізацій, а саме обрано в якості платформи дані проекту DREAM Challenge, оскільки одночасно із "золотим стандартом" доступні також готові програмні засоби (скрипти Matlab) для оцінки подібності власних результатів до "стандарту"; проаналізовано 21 програму для реконструкції мереж генної регуляції і обрано програму ARACNE, яка єдина дозволяє здійснити паралелізацію на рівні даних; виконавці обчислювальної частини проекту отримали персональні сертифікати центру UGRID, та індивідуальний доступ (логін/пароль) до кластеру Інституту молекулярної біології і генетики і провели первинні Грід обчислення; для паралельного обчислення було написано декілька скриптів мовою Python, які розбивали дані та автоматично генерували xrsl-файли; основні обчислення були проведені на кластерах nordu.hpcc.ntu-kpi.kiev.ua та cluster.immsp.kiev.ua; паралелізація обчислень більше , ніж в 6 разів скоротила вирішення тестової задачі за даними для 4000 генів кишкової палочки. Отримані результати відзначилися високим ступенем подібності до результатів "золотого" стандарту. В роботі планується вирішення задач для 40 000 генів вищих організмів. Нами показана можливість досягнення високого паралелізму реконструкції мереж генної регуляції на основі теорії інформації; продемонстровано високий ступінь подібності отриманих результатів до результатів "золотого" стандарту. Реконструкція мереж генної регуляції вищих організмів, що є метою проекту, на відміну від простіших організмів потребує значно більшої оперативної пам'яті і паралелізації, що робить Грід-технології незамінними для вирішення подібних проблем. Опис продукції Методика: новий, вдосконалений метод моделювання мереж генної регуляції на основі даних мікромасив-експериментів. Програмний продукт: паралелізований алгоритм реконструкції мереж генної регуляції на основі даних мікромасив-експериментів, з використанням додаткових джерел даних (гени-мішені транскрипційних факторів та інші). Розрахунки: пошук оптимальної мережі генної регуляції без використання алгоритмічних евристик. Інформаційний ресурс: реконструйована мережа генної регуляції гепатоцитів щурів. Автори роботи Куклін Андрій Володимирович Оболенська Марія Юріївна Синявський Олександр Леонідович Слончак Андрій Миколайович Токовенко Богдан Тарасович Фролова Аліна Олександрівна Додано в НРАТ 2020-04-02 Закрити