Пошук академічних текстів

Інформація × Реєстраційний номер 0211U013144, 0111U006629 , Науково-дослідна робота Назва роботи Теоретичне дослідження біологічно важливих молекулярних систем у рамках континуальної моделі середовища, що явно враховує його неоднорідність Назва етапу роботи Керівник роботи Горб Леонід Григорович, Дата реєстрації 28-12-2011 Організація виконавець Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Опис етапу Об'єкт дослідження: модельні фрагменти ДНК - нуклеозид-дифосфати, нуклеозид-монофосфати, основи та їхні аналоги. Мета роботи - розробка нових континуальних моделей, які адекватно враховують електростатичну і неелектростатичну компоненту енергії взаємодії біомолекулярних систем із оточенням, квантово-хімічні розрахунки енергії гідратації для калібрування та тестування методу SBCM (smooth boundary continuum model). Методи дослідження - квантова хімія з використанням континуальної поляризаційної моделі PCM. На рівні теорії MP2/6-311++G(2df,pd)//B3LYP/6-311++G(d,p) з використанням моделі PCM розраховано електростатичний та неелектростатичний внески у повну енергію гідратації, а також розподіл зарядів та геометрію модельних біомолекул, які мають атоми водню, вуглецю та азоту. Знайдено, що у випадку атомів водню та вуглецю RMSD не перевищує 1 ккал/моль, що відповідає високоточному рівневі підбору параметрів. У випадку атомів азоту RMSD не перевищує 2 ккал/моль, що відповідає точному рівневі підбору параметрів. Якість зоптимізованих параметрів А(6) та А(12) проілюстровано впливом гідратації на конформаційну рівновагу циклогексану. КЛЮЧОВІ СЛОВА: модельні фрагменти ДНК, поляризаційна континуальна модель PCM, гідратація, відносна енергія, діелектрична проникність. Опис продукції Континуальні моделі, які адекватно враховують електростатичну і неелектростатичну компоненти енергії взаємодії біоорганічних молекулярних систем із оточуючим середовищем. Ці моделі буде спочатку застосовано для розрахунку енергії гідратації модельних систем, які включають модельний фосфатний фрагмент ДНК, а також до нейтральної та цвітеріонної форм амінокислот. Автори роботи Броварець Ольга Олександрівна Говорун Дмитро Миколайович Горб Леонід Григорович Додано в НРАТ 2020-04-02 Закрити