Пошук академічних текстів

Інформація × Реєстраційний номер 0212U000634, 0110U005745 , Науково-дослідна робота Назва роботи Розробка та впровадження комп'ютерних сервісів для аналізу молекулярної динаміки білків в віртуальній лабораторії MolDynGrid та її інтеграція в європейську грід-інфраструктуру Назва етапу роботи Керівник роботи Корнелюк Олександр Іванович, Дата реєстрації 05-03-2012 Організація виконавець Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Опис етапу В науково-дослідній роботі було сформовано критерії застосовності існуючих програмних засобів та методик аналізу біологічних систем для віртуальній лабораторії MolDynGrid, яка створена в 2008 р. для вирішення задач в галузях структурної біології і біоінформатики, що потребують значних витрат машинного часу та оперують великими об'ємами інформації. Веб-портал віртуальної лабораторії функціонує під керуванням операційної системи Linux Fedora 14 x86_64, через який можна отримати доступ до ресурсів MolDynGrid. Для розробки та впровадження нових комп'ютерних сервісів в віртуальній лабораторії MolDynGrid було оновлено та змінено технічну і програмну архітектуру кластера ІМБіГ. Оновлення обчислювальної складової надає можливість вивести з експлуатації деякі старі малопотужні вузли та використати їх для аналізу траєкторій молекулярної динаміки (можуть досягати більш ніж 250 ГБ на 100 нс. траєкторію), а оновлення системи зберігання даних дасть можливість зберігати дані великого об'єму. Вузли, потужність яких недостатня для ефективного розрахунку задач молекулярної динаміки - використано для встановлення програмного забезпечення проміжного рівня грід для подальшого дослідження та використання. Створено новий елемент збереження, на базі комплектації uSystem ErgoLAN 6036T-3RF-36, який оснащено апаратним RAID-контролером Adaptec 5805, що дозволяє реалізувати надійність збереження даних за технологією RAID6. Доступ до нового елементу збереження буде надаватись через інтерфейси грід, що дозволяє автоматизувати процес збереження результатів молекулярної динаміки. В результаті проведеної науково-дослідної роботи по розширенню можливостей обчислювального кластеру ІМБіГ НАНУ проведено встановлення грід-сервісів, що суттєво розширять можливості українських вчених для проведення аналітичних обчислень при дослідженнях молекулярної динаміки біологічних макромолекул на сучасному рівні та створять нові можливості не тільки продуктивно використовувати інфраструктуру УНГ, але й дозволять інтегрувати в міжнародні грід-середовища. Опис продукції 1. Проведено аналіз інтерфейсів користувача програмного забезпечення gLite та ARC NOX та сформовано методики роботи з цим програмним забезпеченням в порталі MolDynGrid. 2. Створено програмну інфраструктуру для розробки та впровадження інноваційних методів аналізу. 3. Розроблено та оновлено програмне забезпечення для аналізу траєкторій молекулярної динаміки у віртуальній лабораторії MolDynGrid: DAS, CAS та pteros_rmsf, pteros_contact_finder. Створено веб-інтерфейс для pteros_rmsf. 4. Оновлено елемент збереження. 5. Оновлено обчислювальну складову кластеру ІМБГ. Автори роботи ЄСИЛЕВСЬКИЙ Семен Олександрович САВИЦЬКИЙ Олександр Вячеславович САЛЬНІКОВ Андрій Олександрович СЛЮСАР Євген Андрійович ХАРКЯНЕН Валерій Миколайович Додано в НРАТ 2020-04-02 Закрити