Пошук академічних текстів

Інформація × Реєстраційний номер 0212U008065, 0112U003635 , Науково-дослідна робота Назва роботи Теоретичне дослідження біологічно важливих молекулярних систем у рамках континуальної моделі середовища, що явно враховує його неоднорідність Назва етапу роботи Керівник роботи Горб Леонід Григорович, Дата реєстрації 09-10-2012 Організація виконавець Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Опис етапу Об'єкт дослідження: модельні фрагменти ДНК - біологічно важливі йони, основи ДНК і нуклеозиди . Мета роботи - розробка нових континуальних моделей, які адекватно враховують електростатичну і неелектростатичну компоненту енергії взаємодії біомолекулярних систем із оточенням, квантово-хімічні розрахунки енергії гідратації для калібрування та тестування методу SBCM (smooth boundary continuum model). Методи дослідження - квантова хімія з використанням континуальної поляризаційної моделі PCM. На рівні теорії MP2/6-311++G(2df,pd)//B3LYP/6-311++G(d,p) з використанням моделі PCM розраховано електростатичний та неелектростатичний внески у повну енергію гідратації, а також розподіл зарядів та геометрію модельних біологічно важливих йонів, основ ДНК і нуклеозидів. Розроблено напівкількісні обчислювальні методики для дослідження на молекулярному рівні структури та властивостей нанорозмірних хімічних систем з біологічно значущими властивостями. Використовуючи результати квантово-хімічних розрахунків енергії гідратації біологічно важливих йонів, основ ДНК і нуклеозидів у наближенні РСМ для калібрування та тестування методу SBCM, зоптимізовано параметри А(6) та А(12), а також встановлено, що значення RMSD не перевищує 1 ккал/моль, що відповідає високоточному рівневі підбору параметрів. КЛЮЧОВІ СЛОВА: модельні фрагменти ДНК, йони, поляризаційна континуальна модель PCM, гідратація, відносна енергія, діелектрична проникність. Опис продукції Континуальні моделі, які адекватно враховують електростатичну і неелектростатичну компоненти енергії взаємодії біоорганічних молекулярних систем із оточуючим середовищем. Ці моделі буде спочатку застосовано для розрахунку енергії гідратації модельних систем, які включають модельний фосфатний фрагмент ДНК, а також до нейтральної та цвітеріонної форм амінокислот. Автори роботи Броварець Ольга Олександрівна Говорун Дмитро Миколайович Горб Леонід Григорович Додано в НРАТ 2020-04-02 Закрити