Пошук академічних текстів

Інформація × Реєстраційний номер 0213U005106, 0110U005745 , Науково-дослідна робота Назва роботи Розробка та впровадження комп'ютерних сервісів для аналізу молекулярної динаміки білків в віртуальній лабораторії MolDynGrid та її інтеграція в європейську грід-інфраструктуру Назва етапу роботи Керівник роботи Корнелюк Олександр Іванович, Дата реєстрації 21-02-2013 Організація виконавець Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Опис етапу В науково-дослідній роботі було сформовано критерії застосовності існуючих програмних засобів та методик аналізу біологічних систем для віртуальній лабораторії MolDynGrid, яка створена в 2008 р. для вирішення задач в галузях структурної біології і біоінформатики, що потребують значних витрат машинного часу та оперують великими об'ємами інформації. Веб-портал віртуальної лабораторії функціонує під керуванням операційної системи Linux Fedora 14 x86_64, через який можна отримати доступ до ресурсів MolDynGrid. Для розробки та впровадження нових комп'ютерних сервісів в віртуальній лабораторії MolDynGrid було оновлено та змінено технічну і програмну архітектуру кластера ІМБіГ. Оновлення обчислювальної складової надає можливість вивести з експлуатації деякі старі малопотужні вузли та використати їх для аналізу траєкторій молекулярної динаміки (можуть досягати більш ніж 250 ГБ на 100 нс. траєкторію), а оновлення системи зберігання даних дасть можливість зберігати дані великого об'єму. Вузли, потужність яких недостатня для ефективного розрахунку задач молекулярної динаміки - використано для встановлення програмного забезпечення проміжного рівня грід для подальшого дослідження та використання. Створено новий елемент збереження, на базі комплектації uSystem ErgoLAN 6036T-3RF-36, який оснащено апаратним RAID-контролером Adaptec 5805, що дозволяє реалізувати надійність збереження даних за технологією RAID6. Доступ до нового елементу збереження буде надаватись через інтерфейси грід, що дозволяє автоматизувати процес збереження результатів молекулярної динаміки. В результаті проведеної науково-дослідної роботи по розширенню можливостей обчислювального кластеру ІМБіГ НАНУ проведено встановлення грід-сервісів, що суттєво розширять можливості українських вчених для проведення аналітичних обчислень при дослідженнях молекулярної динаміки біологічних макромолекул на сучасному рівні та створять нові можливості не тільки продуктивно використовувати інфраструктуру УНГ, але й дозволять інтегрувати в міжнародні грід-середовища. Опис продукції 1.Проведено розробку необхідних модулів для роботи порталу MolDynGrid з різним проміжним програмним забезпеченням одночасно. 2. Створено інтерфейси порталу віртуальної лабораторії для запуску стандартних аналітичних програм та програм аналізу на основі бібліотеки Pteros. 3. Оновлено програмне забезпечення для аналізу траєкторій молекулярної динаміки. 4. Прийнята активна участь у міжнародних проектах та інфраструктурах (EGI, VT GPGPU, CASPUR). 5. Проведено сертифікацію ресурсного центру в EGI. 6. Оновлено кластер ІМБГ. Автори роботи ЄСИЛЕВСЬКИЙ Семен Олександрович САВИЦЬКИЙ Олександр Вячеславович САЛЬНІКОВ Андрій Олександрович СЛЮСАР Євген Андрійович ХАРКЯНЕН Валерій Миколайович Додано в НРАТ 2020-04-02 Закрити