Реєстраційний номер
0213U006717,
0108U008528
, Науково-дослідна робота
Назва роботи
Вивчення механізму взаємодії 2',5'-олігоаденілатів з кальцій-зв'язуючими білками
Назва етапу роботи
Керівник роботи
Ткачук Зеновій Юрійович,
Дата реєстрації
25-12-2013
Організація виконавець
Інститут молекулярної біології і генетики
Опис етапу
Розроблено нові методи синтезу препаратів флуоресцентно мічених 2'-5'-олігоаденілатів і їхніх аналогів. Показано, що "корові" 2'-5'-олігоаденілатів та їх аналоги можуть взаємодіяти з кальмодуліном і за рахунок збільшення афінності кальмодуліну змінюють його зв'язування з кальцієм. Для всіх вивчених препаратів виявлено тільки активуючу активність. Модулюючу дію 2'-5'А3 та його аналоги мають по відношенню до протеїнкіназ. Криві титрування протеїнкіназ залежно від концентрації олігоаденілатів мають V- або W-подібний характер. Методом комп'ютерного моделювання побудовано модель просторової структури протеїнкінази С у вільному стані. та проведено in silico докинг ряду лігандів з цим білком. Показано, що 2'-5'А3 зв'язуються в активному центрі протеїнкінази і утворюють зв'язки з білком. Припускається що 2'-5'А3 та його аналоги, зв'язуючись з регуляторними білками, змінюють їх конформацію, що призводить до зміни їх ферментативної активності. Методом мас-спектроскопії встановлено здатність олігоаденілатів та їх аналогів приєднуватися до білків системи противірусного захисту. Ці дані дають можливість розглядати ?-інтерферон, як один з цільових білків для "корових" олігоаденілатів, які приймають участь в механізмі противірусного захисту клітини. Методом КД-спектроскопії показано, що приєднання 2'-5'-олігоаденілатів та їх аналогів спричиняє несуттєві зміни тривимірної структури білкової глобули, відображенням чого слугувало зменшення величини молярної еліптичності. Аналіз вторинної структури білка S100A1 з допомогою програми CDNN показав, що додавання олігоаденілатів та їх аналогів призвело до зменшення відсотку a-спіральних елементів у складі білкової глобули. Ми припускаємо, що олігоаденілати не взаємодіють безпосередньо із залишками на міждоменному інтерфейсі, а переважно впливають на гомодимерну поверхню після зв'язування аденілату до Ca2+-зв'язуючої петлі або / і ділянки лінкера. Представлені експериментальні дані, отримані завдяки застосуванню методів ЯМР та КД, вказують на появу невеликих змін в структурі білка в результаті взаємодії з 2'-5'A3 та його аналогів. Тому ми вважаємо, що ці сполуки здатні регулювати кальцієву афінність білка S100A1 та процеси, пов'язані з його взаємодією з цільовими білками. Аналіз FTIR спектрів комплексів 2'-5' A3 з кальцій зв'язувальними білками S100A1, S100B та кальмодуліном показав наявність зміни характеру поглинання в областях спектру, що відповідають Amide I та Amide II, які, як відомо, є індикаторами стану вторинної структури білкової глобули. Наведені вище дані прямо вказують на наявність зв'язування досліджуваних білків з 2'-5'A3 та їх впливу на конформацію вивчених білків. Ключові слова: 2'-5'-олігоаденілати, кальцій, кальмодулін, білок S100A1, білок S100B, інтерферон, альбумін, інсулін.
Опис продукції
Розроблено нові методи синтезу препаратів флуоресцентно мічених 2'-5'-олігоаденілатів і їхніх аналогів. Методом комп'ютерного моделювання побудовано модель просторової структури протеїнкінази С у вільному стані. та проведено in silico докинг ряду лігандів з цим білком. Показано, що "корові" 2'-5'-олігоаденілатів та їх аналоги можуть взаємодіяти з кальмодуліном і за рахунок збільшення афінності кальмодуліну змінюють його зв'язування з кальцієм.
Автори роботи
Дубей Ігор Ярославович
Дубей Лариса Володимирівна
Козлов Олександр вадимович
Кузів Я. Б.
Левченко Світлана Миколаївна
Семерникова Лариса Іванівна
Скоробагатов Олександр
Ткачук Валентина Василівна
Ткачук Зеновій Юрійович
Ткачук Лариса Володимирівна
Яковенко Тетяна Григорівна
Додано/оновлено в НРАТ
2020-04-02
