Пошук академічних текстів

Інформація × Реєстраційний номер 0214U001053, 0113U002490 , Науково-дослідна робота Назва роботи Удосконалення енсембль-методу з високим ступенем паралелізації і створення веб-порталу для моделювання мереж генної регуляції у Грід-середовищі Назва етапу роботи Керівник роботи Оболенська Марія Юріївна, Дата реєстрації 16-01-2014 Організація виконавець Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Опис етапу В проекті зусилля спрямовані на розробку вдосконаленого алгоритму реконструкції мереж генної регуляції, який би поєднував кращі результати інших методів, і реалізацію розробленого методу в програмному коді, що підтримує високий ступінь паралелізації обчислень на GRID. Для цього планується застосувати енсембль-метод на основі лінійного стекінгу та здійснити реалізаціяю розпаралеленого алгоритму Баєсовської реконструкції з критерієм спільної інформації, який є найновітнім алгоритмом у галузі моделювання регуляторних мереж та допоможе значно підвищити якість реконструкції енсембль-методу. Практичним застосуванням розробленої системи буде реконструкція мережі генної регуляції з даних експресії гепатоцитів щура, отриманих в Лабораторії системної біології ІМБГ НАНУ. Опис продукції Адаптоване ПЗ Aracne, Banjo для роботи у грід-середовищі; створений відкритий репозиторій коду/бібліотек + wiki для роботи із мережами генної регуляції у ГРІД-середовищі; набір скриптів для автоматичної подачі задач на грід та для роботи з даними генної експресії; генерація набору синтетичних мереж для перевірки точності методів реконструкції; створений енсембль методу реконструкції генних мереж Автори роботи Куклін А.В. Оболенська М.Ю. Слончак А.М. Токовенко Богдан Тарасович Фролова Аліна Олекандрівна Додано в НРАТ 2020-04-02 Закрити