Пошук академічних текстів

Інформація × Реєстраційний номер 0214U006823, 0110U005745 , Науково-дослідна робота Назва роботи Розробка та впровадження комп'ютерних сервісів для аналізу молекулярної динаміки білків в віртуальній лабораторії MolDynGrid та її інтеграція в європейську грід-інфраструктуру Назва етапу роботи Керівник роботи Корнелюк Олександр Іванович, Дата реєстрації 25-02-2014 Організація виконавець Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Опис етапу В науково-дослідній роботі було сформовано критерії застосовності існуючих програмних засобів та методик аналізу біологічних систем для віртуальній лабораторії MolDynGrid, яка створена в 2008 р. для вирішення задач в галузях структурної біології і біоінформатики, що потребують значних витрат машинного часу та оперують великими об'ємами інформації. Веб-портал віртуальної лабораторії функціонує під керуванням операційної системи Linux Fedora 16 x86_64, через який можна отримати доступ до ресурсів MolDynGrid. Для розробки та впровадження нових комп'ютерних сервісів в віртуальній лабораторії MolDynGrid було оновлено та змінено технічну і програмну архітектуру кластера ІМБіГ. Оновлення обчислювальної складової надає можливість вивести з експлуатації деякі старі малопотужні вузли та використати їх для аналізу траєкторій молекулярної динаміки (можуть досягати більш ніж 250 ГБ на 100 нс. траєкторію), а оновлення системи зберігання даних дасть можливість зберігати дані великого об'єму. Вузли, потужність яких недостатня для ефективного розрахунку задач молекулярної динаміки - використано для встановлення програмного забезпечення проміжного рівня грід для подальшого дослідження та використання. Створено новий елемент збереження, на базі комплектації uSystem ErgoLAN 6036T-3RF-36, який оснащено апаратним RAID-контролером Adaptec 5805, що дозволяє реалізувати надійність збереження даних за технологією RAID6. Доступ до нового елементу збереження буде надаватись через інтерфейси грід, що дозволяє автоматизувати процес збереження результатів молекулярної динаміки. В результаті проведеної науково-дослідної роботи по розширенню можливостей обчислювального кластеру ІМБіГ НАНУ (Supermicro 9 шт. SYS-6017R-TLF 19" у 2013 році), проведено встановлення грід-сервісів, що суттєво розширять можливості українських вчених для проведення аналітичних обчислень при дослідженнях молекулярної динаміки біологічних макромолекул на сучасному рівні та створять нові можливості не тільки продуктивно використовувати інфраструктуру УНГ, але й дозволять інтегрувати в міжнародні грід-середовища. Опис продукції Вивчено можливість міграції коду на стандарт С++11 для бібліотеки Pteros. Впроваджено розпаралелювання Python-скриптів для керування аналітичними програмами (для бібліотеки Pteros)Оновлено програмне забезпечення для аналізу траєкторій молекулярної динаміки у віртуальній лабораторії MolDynGrid (DAS, Pteros) Оновлено обчислювальну складову кластера ІМБГ Supermicro 9 шт. SYS-6017R-TLF 19" (Intel Xeon E5-2620, 216 процесорних ядер) та додано один керуючий вузол з процесором Intel Xeon Е3-1220. Oновлено та апробовано аналітичний блок. Прийнята активна участь у міжнародних проектах та інфраструктурах (EGI, VT GPGPU, We-NMR). Для віртуальної організації moldyngrid було отримано обчислювальні ресурси на кластері Leibniz-Rechenzentrum Linux-Cluster (Німеччина) кількістю в 300 процесорних ядер. Оновлено навчальний блок та проведено навчання персоналу. Автори роботи ЄСИЛЕВСЬКИЙ Семен Олександрович САВИЦЬКИЙ Олександр Вячеславович САЛЬНІКОВ Андрій Олександрович СЛЮСАР Євген Андрійович Додано в НРАТ 2020-04-02 Закрити