Пошук академічних текстів

Інформація × Реєстраційний номер 0215U001081, 0114U000687 , Науково-дослідна робота Назва роботи Динаміка та структурування протиіонів навколо подвійної спіралі ДНК Назва етапу роботи Керівник роботи Перепелиця Сергій Миколайович, Дата реєстрації 16-01-2015 Організація виконавець Інститут теоретичної фізики ім. М.М.Боголюбова Національної Академії Наук України Опис етапу Проведено моделювання фрагменту молекули ДНК (CGCGAATTCGCG) з протиіонами Na+, K+ та Cs+ методом молекулярної динаміки. Траєкторія моделювання становила 10 нс. Результати показали, що протиіони Na+ взаємодіють з фосфатними групами ззовні подвійної спіралі, не проникаючи вглиб ДНК. Іони калію локалізовані переважно в жолобах подвійної спіралі і можуть взаємодіяти безпосередньо з нуклеїновими основами. Протиіони цезію проникають глибоко всередину мінорного жолоба, зв'язуючись з нуклеїновими основами. Іони хлору, як правило, локалізовані на великих відстанях від ДНК, але деякі аніони Cl- було знайдено поблизу атомних груп подвійної спіралі через формування електрично нейтральних пар з противоионами, які вже сконденсувалися на ДНК. Час життя іонів Na+ та K+ в комплексі з ДНК менший за 0.5 нс, а у випадку іонів Cs+ може сягати декількох наносекунд. У цьому часовому масштабі протиіони цезію здатні формувати впорядковану систему зарядів в середині мінорного жолоба ДНК, яку можна розглядати як ґратку іонного типу. Опис продукції Проведено моделювання фрагменту молекули ДНК з протиіонами Na+, K+ та Cs+ методом молекулярної динаміки. Результати показали, що протиіони Na+ взаємодіють з фосфатними групами ззовні подвійної спіралі, не проникаючи вглиб ДНК. Іони калію локалізовані переважно в жолобах подвійної спіралі і можуть взаємодіяти безпосередньо з нуклеїновими основами. Протиіони цезію проникають глибоко всередину мінорного жолоба, формуючи впорядковану систему зарядів, яку можна розглядати як ґратку іонного типу. Автори роботи Власюк А. В. Любиш О. О. Перепелиця С. М. Додано в НРАТ 2020-04-02 Закрити