Реєстраційний номер
0220U101255,
0117U000378
, Науково-дослідна робота
Назва роботи
Розробка геномних підходів для встановлення генетичного різноманіття рідкісних та ендемічних видів рослин і тварин.
Назва етапу роботи
Керівник роботи
Кіш Роман Ярославович,
Дата реєстрації
07-02-2020
Організація виконавець
Державний вищий навчальний заклад "Ужгородський національний унiверситет"
Опис етапу
Реалізацією проекту закладено початок процесу документування геномного різноманіття в Україні. Здійснено збір зразків зі всіх відомих в Україні природних локалітетів M. transsilvanicum (з них три виявлені вперше), екстраговано ДНК у 16 особин (по дві з кожної популяції). Виконано пошук гнізд та вперше отримано унікальні зразки (пір’їн з за¬лишками крові) та екстраговану ДНК від 35 пташенят C. nigra з природних популяцій України та, з метою порівняння, чотирьох пташенят C. ciconia.
Опис продукції
Вперше в Україні здійснений селективний підбір технологій для повногеномного секвенування (відібрано дві найбільш ефективні на сьогодні платформи секвенування наступного покоління Illumina HiSeq та BGISeq500) та з метою вивчення між- та внутрішньо-популяційної геномної мінливості розроблений оптимальний та ефективний пакет програмного забезпечення для аналізу, фільтрування та інтерпретації геномної інформації, збору геному конкретного виду. Здійснено повногеномне секвенування, збірку та анотацію двох геномів – C. ciconia (розмір генома 1.62 Гб) і M. transsilvanicum (розмір генома 4.95 Гб). Проаналізовано якість секвенування і визначено структурні елементи обидвох геномів, ідентифіковано та виключено фрагменти, що не мають функціонального значення. Отримана збірка є доступною для поповнення і уточнення інформації, яка буде вдосконалюватися шляхом залучення додаткових даних.
Автори роботи
Будніков Геннадій Борисович
Волфсбергер Валтер Валтерович
Олексик Тарас Хомич
Додано/оновлено в НРАТ
2020-04-02
