Пошук академічних текстів

Інформація × Реєстраційний номер 0222U003051, 0120U103276 , Науково-дослідна робота Назва роботи Розроблення та впровадження ILP-маркерів для генетико-селекційних досліджень злаків Назва етапу роботи Керівник роботи Блюм Ярослав Борисович, Доктор біологічних наук Дата реєстрації 17-02-2022 Організація виконавець Державна установа "Інститут харчової біотехнології та геноміки Національної академії наук України" Опис етапу  Здійснено біоінформатичний пошук та аналіз сиквенованих EST послідовностей Aegilops tauschii та розроблено ILP-маркери з метою подальшого їх використання у молекулярно-генетичній характеристиці рослин. В базі даних NCBI виявлено 208 EST послідовностей Ae. tauschii, з яких виокремлено 181 унікальна послідовність за допомогою online-інстументу CD-HIT. В результаті аналізу всіх унікальних EST послідовностей Ae. tauschii через порівняння з гомологічними генними послідовностями Oryza sativa виявлено 14 позицій інтронів та розроблено 14 ILP-маркерів Ae. tauschii, які в подальшому планується використати для генетичного аналізу поліморфізму інтронів та диференціації генотипів Ae. tauschii та інших близько родинних видів культурних та дикорослих злаків. Імовірну функціональну приналежність ILP-маркерів встановлювали спираючись на BLAST пошук гомологічних послідовностей для 12 EST послідовностей Ae. tauschii в геномі Oryza sativa. Саме функціональна приналежність гомологічного гену рису і визначалася нами як функціональна анотація для EST послідовності Ae. tauschii та його ILP-маркерів. Загалом всі ILP-маркери Ae. tauschii, спираючись на функцію відповідних генів, були поділені на 4 категорії, серед яких гени «домашнього господарства», гени кіназ, гени стрес-індукований білків, гени транспортних білків. На даному етапі встановлено, що 35 % розроблених ILP-маркерів знаходяться в генах білків «домашнього господарства», 41 % - в генах кіназ, 18 % - в генах стрес-індукованих білків та 6 % ILP-маркерів розташовані в генах транспортних білків. Проведено ампліфікацію інтронів у 35 зразків Ae. tauschii та 9 зразків Ae. biuncialis з використанням з новорозробленого ILP маркеру Aet_ILP1. Вдалося чітко диференціювати між собою зразки на видовому рівні. Розроблено 17 ILP-маркерів Ae. tauschii, які потенційно можуть використовуватися для молекулярно-генетичного аналізу даного виду та інших видів злаків. Опис продукції Автори роботи Білоножко Юлія Олександрівна Блюм Ярослав Борисович Калафат Любов Олександрівна Пірко Ярослав Васильович Постовойтова Анастасія Сергіївна Рабоконь Анастасія Миколаївна Додано в НРАТ 2022-03-09 Закрити