Пошук академічних текстів

Інформація × Реєстраційний номер 0224U002674, 0123U102290 , Науково-дослідна робота Назва роботи Структурні перетворення подвійної спіралі ДНК під впливом біологічно активних молекул та іонів Назва етапу роботи Керівник роботи Волков Сергій Наумович, Доктор фізико-математичних наук Дата реєстрації 24-02-2024 Організація виконавець Інститут теоретичної фізики ім. М. М. Боголюбова Національної академії наук України Опис етапу  В рамках виконання проєкту було розв’язано такі задачі: Методом молекулярної динаміки проведено дослідження конформаційної гнучкості молекул поліамінів, що взаємодіють з подвійною спіраллю ДНК. Зокрема здійснено детальний аналіз конформаційного простору молекул спермідину3+ як у розчині, так і в тісному контакті з ДНК. Було показано, що усі можливі конформації молекули спермідину3+, а їх понад 2000, можна класифікувати у сім сімейств, які було названо конформаційними модами. Кількість конформаційних мод відповідає кількості торсійних кутів, що формують атоми в ланцюжку остова молекули спермідину3+. Виявлено, що на відносну популяцію цих конформаційних мод сильно впливає взаємодія спермідину3+ з ДНК. Зокрема, три з семи двогранних кутів молекули спермідину3+ знаходяться переважно в транс-конформації (з ДНК або без неї), у той час як інші чотири двогранні кути перемикаються між транс, гош+ і гош- станами. Дві з семи конформаційних мод молекули спермідину3+ проявляються лише у комплексі з ДНК і характеризують суттєво вигнутий стан молекули поліаміну. Подвійна спіраль може зазнавати суттєвих трансформацій у відповідь на приєднання молекули поліаміну, що проявляється в екстремальному звуженні мінорного жолоба ДНК. Проаналізовано можливість утворення комплексів молекули пероксиду водню з нуклеїновими основами ДНК. Знайдено стабільні комплекси. За допомогою методів квантової хімії визначено їх оптимальні геометрії і енергії взаємодії. Показано, що комплекси з пероксидом водню енергетично вигідніші за аналогічні комплекси з молекулою води. Дані результати можуть сприяти розумінню механізмів іонної терапії ракових захворювань. Досліджено інтеґровну нелінійну динамічну систему внутрішньовузлових збуджень та коливань ґратки з калібрувально подібним механізмом взаємодiї між підсистемами на регулярному одновимірному ланцюжку. В залежности від співвідношення між двома фізично відмінними просторовими масштабними параметрами система здатна демонструвати три якісно відмінні режими. Опис продукції Автори роботи Вахненко Олексій Олексійович Волков Сергій Наумович Канєвська Поліна Павлівна Крячко Євген Сергійович Перепелиця Сергій Миколайович П’ятницький Дмитро Валерійович Додано в НРАТ 2024-02-24 Закрити