Пошук академічних текстів

Реєстраційний номер

0225U004525, (0125U003112) , Науково-дослідна робота

Назва роботи

Антарктичні актиноміцети родини Micromonosporaceae, як перспективне джерело генів біотехнологічного призначення

Назва етапу роботи

1.1. Проведення повногеномного секвенування та анотування геномів раніше виділених актиноміцетів родини Micromonosporaceae; 1.2. детальний філогенетичний аналіз секвенованих антарктичних ізолятів для встановлення їхнього точного таксономічного положення та еволюційних зв'язків у межах родини Micromonosporaceae та порівняно з типовими штамами; 1.3. ідентифікування та аналіз різноманіття біосинтетичних генних кластерів в геномах антарктичних ізолятів за допомогою біоінформатичних інструментів, оцінка їх потенційної новизни; 1.4. біоінформатична реконструкція ключових метаболічних шляхів, з особливим акцентом на вторинному метаболізмі та потенційних механізмах адаптації до умов Антарктики; 1.5. порівняльний аналіз генного складу антарктичних ізолятів і типових штамів актиноміцетів родини Micromonosporaceae для виявлення унікальних генів або генних родин; 1.6. депонування одного репрезентативного штаму актиноміцетів родини Micromonosporaceae в Державному депозитарії України та анотованої

Керівник роботи

Громико Олександр Миколайович, Кандидат біологічних наук

Дата реєстрації

10-12-2025

Організація виконавець

Львівський національний університет імені Івана Франка

Опис роботи

Комплексна оцінка філогенетичного різноманіття та генетичного потенціалу актиноміцетів родини Micromonosporaceae, виділених з Морської Антарктики, шляхом повногеномного секвенування, біоінформатичного аналізу та порівняльної геноміки для цілеспрямованої ідентифікації генів біотехнологічного призначення

Опис етапу

Проведене повногеномне секвенування чотирьох штамів (Actinoplanes sp. Da 78-11, Amorphoplanes sp. Da 79-44, Da 81-18, Da 82-20) дозволило отримати геноми розміром від 8,46 до 10,93 Мб, що містять від 7725 до 9934 відкритих рамок зчитування. Філогенічний аналіз та розрахунок індексів ANI/dDDH виявив, що три штами (Da 79-44, Da 81-18, Da 82-20) ймовірно є представниками трьох нових видів роду Amorphoplanes. Для штаму Actinoplanes sp. Da 78-11 запропоновано рекласифікацію як кандидата на опис нового роду, оскільки він формує окрему філогенетичну лінію та демонструє низьку подібність (ANI ~78%, dDDH ~23%) до найближчого роду Paractinoplanes. Функціональна анотація виявила гени відповідальні за адаптацію до умов Антарктики: наявність стресового білка MT2085, Nudix-гідролаз для репарації ДНК, альтернативних шляхів синтезу біотину та регуляторів метаболізму (AfsR). Аналіз генів вторинного метаболізму показав високий біотехнологічний потенціал: ідентифіковано від 17 до 26 біосинтетичних генних кластерів на геном, причому 80–90% з них є кластерами-сиротами, що вказує на можливість синтезу нових сполук. Виявлено кластери синтезу антимікробних агентів (ботроміцину, лінаридинів, лассо-пептидів, лантипептидів, сактіпептидів) та адаптивних молекул (ектоїну для осмопротекції, меланіну для захисту від УФ, фосфонатів). Метаболічна реконструкція штаму Da 78-11 дозволила виявити основні шляхи метаболізму сполук карбону та підвередити метаболічну пластичність штаму. Репрезентативний штам ймовірно нового роду Da 78-11 депоновано депозитарії УКМ (номер IMB Ac-5059), а його геномна послідовність доступна в базі NCBI GenBank (PRJNA1366922).

Опис продукції

Автори роботи

Роман Іван Іванович
Макар Орися Орестівна

Додано в НРАТ

2025-12-10