Пошук академічних текстів

Інформація × Реєстраційний номер 0225U005028, (0125U002921) , Науково-дослідна робота Назва роботи Дослідження топологічних особливостей функціональної поверхні факторів життєвого циклу SARS-CoV-2 на предмет їх потенціалу до взаємодії з низькомолекулярними хімічними сполуками Назва етапу роботи Дослідження топологіxних особливостей ACE2-зв'язуючої ділянки RBD варіанту Омікрон B.1.1.529 SARS-CoV-2 Керівник роботи Заремба Андрій Анатолійович, Дата реєстрації 24-12-2025 Організація виконавець Інститут мікробіології і вірусології ім. Д. К. Заболотного Національної академії наук України Опис роботи Дослідити методом молекулярного моделювання ACE2-зв’язуючу ділянку рецептор зв’язуючого домену S-глікопротеїну і активний центр основної протеази SARS-CoV-2 на предмет наявності кишень і ступеня їх придатності для стабільної взаємодії з низькомолекулярним лігандом — потенційним лікарським засобом. Опис етапу Метою роботи на даному етапі було дослідження топологічних особливостей ACE2-зв'язуючої ділянки RBD варіанту Омікрон B.1.1.529 SARS-CoV-2. Відповідно до мети роботи звітній період проведено: 1. Підготовку вхідних даних і попередню фільтрацію бібліотеки затверджених FDA лікарських сполук на основі молекулярної маси. 2. Віртуальний скринінг бібліотеки затверджених FDA лікарських сполук на предмет їх взаємодії з ACE2-зв'язуючою ділянкою RBD варіанту Омікрон B.1.1.529 SARS-CoV-2. 3. Відбір речовин з підвищеним потенціалом до взаємодії з RBD в зоні інтересу. Симуляція їх молекулярної динаміки (50нс) у комплексі з ціллю. 4. Аналіз стабільності відібраних комплексів і відбір кількох сполук із найбільшою ймовірністю комплексоутворення. Їх подовжене симуляційне дослідження (200нс) у комплексі з RBD. Обрахунок вільної енергії зв’язування методом MM/PBSA. 5. In vitro дослідження потенціалу кетодаролутаміду на роль конкурентного інгібітора RBD. 6. Опрацювання отриманих результатів та створення загальної карти топології поверхні RBD варіанту Омікрон B.1.1.529. Як результат було: 1. Визначено, що кетодаролутамід у симуляційних експериментах є здатним до стабільної взаємодії з RBD варіанту Омікрон B.1.1.529 SARS-CoV-2 у ACE2-зв'язуючій ділянці. Енергетичний виграш внаслідок комплексоутворення, при цьому, становить -11.33±3.41 ккал/моль. 2. Підтверджено, що цей антиандроген in vitro (ІФА) є здатним протидіяти взаємодії RBD SARS-CoV-2 з людським ACE2. Хоча і в ступені, який не дозволяє стверджувати про його високий потенціал як антиковідного засобу, але дозволяє його використання як скефолдної структури для подальших досліджень іншими дослідними групами. 3. Створено карту топології поверхні RBD варіанту Омікрон B.1.1.529 та ідентифіковано додаткову кишеню розташовану поза межами ACE2-зв'язуючої ділянки цього фактору придатну для взаємодії з малою хімічною сполукою. Опис продукції Автори роботи Заремба Поліна Юріївна Заремба Андрій Анатолійович Додано в НРАТ 2025-12-24 Закрити