Пошук академічних текстів

Інформація × Реєстраційний номер 0225U005360, (0125U001669) , Науково-дослідна робота Назва роботи Візуалізація міжмолекулярних взаємодій протеїнів системи гемостазу. Назва етапу роботи Вивчення просторової структури комплексу ВbN-домену з аС-регіоном фібрину, що дозволить запропонувати концепцію його участі на етапі побудови протофібрил та під час їхньої латеральної асоціації; створення просторової моделі дезінтегрину з отрути ефи багатолускової, що надасть змогу передбачити особливості його взаємодії з ІІbIIIa-рецептором тромбоцитів; вивчення комплексу тіа-каліксарену з центром полімеризації "А" фібрину, що дозволить передбачити зміни у структурі молекул калікс[4]аренового ряду, які б дозволили збільшити їхню селективність та активність. Керівник роботи Грабовський Олексій Олегович, Доктор філософії Дата реєстрації 30-12-2025 Організація виконавець Інститут біохімії ім. О. В. Палладіна Національної академії наук України Опис роботи Застосувати методи in silico для встановлення та побудови моделей міжмолекулярних взаємодій протеїнів, залучених до регуляції системи гемостазу. Зокрема, буде досліджено формування комплесу ВbN-домену з аС-регіоном фібрину, встановлено просторову структуру дезінтегрину з отрути ефи багатолускової та запропоновано комплекс тіа-каліксарену з центром полімеризації "А". Опис етапу Проєкт було присвячено дослідженню міжмолекулярних взаємодій ключових компонентів системи гемостазу із застосуванням сучасних методів комп’ютерного моделювання. Основну увагу зосереджено на трьох ключових об’єктах: αC-регіоні фібриногену, взаємодії дезінтегрину з отрути Echis multisquamatis з інтегриновим рецептором αIIbβ3 та взаємодії калікс[4]аренів з фібрином. Для αC-регіону фібриногену було виконано прогнозування просторової структури за допомогою методів глибокого навчання AlphaFold2, OpenFold і Chai-1. Якість отриманих моделей оцінювали з використанням метрик pLDDT та Predicted Aligned Error (PAE). Показано, що через високу конформаційну рухливість αC-регіону ці методи не забезпечують отримання структурно узгоджених і відтворюваних моделей, придатних для подальшого аналізу міжмолекулярних взаємодій. У зв’язку з цим для подальших досліджень було використано літературну модель αC-домену, побудовану на основі експериментальних даних та молекулярної динаміки, яку було оптимізовано далі. Адекватність моделі перевіряли по сайтам розщеплення специфічними протеїназами, оскільки вони загалом розміщуються на неструктурованих ділянках. Дезінтегрин з отрути Echis multisquamatis було ідентифіковано як димерний білок на основі мас-спектрометричних та електрофоретичних даних. Побудовано просторову модель гомодимеру та змодельовано його комплекс з інтегрином αIIbβ3 з використанням кристалографічних структур інтегрину в активній конформації. Ідентифіковано ключові залишки, задіяні у координації іона Mg²⁺ та стабілізації комплексу. Крім того, було проведено молекулярний докінг тіакалікс[4]арену С-201S у чотирьох його основних конформаціях до центру «А» полімеризації фібрину. Отримані результати дозволили визначити конформацію макроциклу з теоретичною найбільшою спорідненістю до фібрину, що дає можливість в подальшому перейти до раціональної модифікації каліксаренів як потенційних антитромботичних агентів. Опис продукції Автори роботи Грабовський Олексій Олегович Додано в НРАТ 2025-12-30 Закрити