Реєстраційний номер
0825U002021, Дисертація доктора філософії
На здобуття
Доктор філософії
Дата захисту
02-06-2025
Статус
Наказ про видачу диплома
Назва роботи
Бібліотеки геномів актинобактерій як знаряддя пошуку нових біологічно активних речовин.
Здобувач
Мельник Софія Юріїівна,
Керівник Осташ Богдан Омелянович
Опонент Дмитрук Костянтин Васильович
Опонент Тігунова Олена Олександрівна
Рецензент Сирватка Василь Ярославович
Рецензент Перетятко Тарас Богданович
Установа, організація, у вченій раді якої відбудеться/відбувся захист
Львівський національний університет імені Івана Франка
Опис
Дисертаційна робота присвячена опрацюванню цілісного підходу до створення та використання бібліотек геномів актинобактерій для дослідження відомих і виявлення нових біологічно активних речовин, кодованих кластерами генів біосинтезу (КБГ) спеціалізованих метаболітів; застосуванню отриманих знань для підвищення синтезу природних сполук. У цій роботі створено геномні бібліотеки штамів актиноміцетів двох віддалених видів – Streptomyces roseochromogenes NRRL 3504 та Aсtinosynnema mirum DSM 43827. Здійснено комплексний біоінформатичний аналіз генома S. roseochromogenes NRRL 3504 за допомогою низки програм для виявлення КБГ спеціалізованих метаболітів. За допомогою гетерологічної експресії космід з геномних бібліотек S. roseochromogenes NRRL 3504 та A. mirum DSM 43827 у шасі S. albus Del14 та S. lividans ∆YA9 ідентифіковано синтез сполук, що кодуються наборами генів зі схожістю до КБГ сполук колабоміцину E, аурахінів, улеунгдину та франкіаміцину. На основі дереплікаційного аналізу, даних ВЕРХ-МС та ЯМР-спектроскопії встановлено, що сполука, яку кодує КБГ №29 з генома S. roseochromogenes NRRL 3504 – полікетид лімокроцин, інгібітор зворотної транскриптази вірусів. Ідентифіковано КБГ лімокроцину, доведено функції окремих структурних та регуляторних генів у синтезі лімокроцину та запропоновано вихідну схему біосинтезу сполуки. Виявлено дві нові сполуки, що, ймовірно, є епокси-похідними лімокроцину. Показано, що за типових лабораторних умов S. roseochromogenes NRRL 3504 також накопичує лімокроцини. На основі маніпуляцій регуляторними генами створено надпродуценти лімокроцину та хлоробіоцину. Шляхом гетерологічної експресії показано, що диметилалілтриптофансинтаза Amir_2071 з A. mirum DSM 43827 здатна каталізувати утворення пренільованих похідних тирозину, та створено зручну платформу тестування субстратної специфічності Amir_2071. Здійснено філогенетичний аналіз та аналіз мереж подібних послідовностей білка Amir_2071 серед відомих бактерійних пренілтрансфераз.
Дата реєстрації
2025-05-29
Додано/оновлено в НРАТ
2025-05-29 / 2026-07-01
