Пошук академічних текстів

Інформація × Реєстраційний номер 2125U002747, Матеріали видань та локальних репозитаріїв Категорія Бакалаврська робота Назва роботи Систематизація метаданих і визначення статі плоду за даними експресії генів Автор Архипов Павло ДмитровичArkhypov Pavlo Dmytrovych Дата публікації 01-01-2025 Постачальник інформації Національний технічний університет України «Київський політехнічний інститут імені Ігоря Сікорського» Першоджерело https://ela.kpi.ua/handle/123456789/75663 Видання Київ Опис Дипломна робота містить: 108 сторінок, 23 рисунки, 2 таблиці, 4 додатки, 164 посилань на літературні джерела. Об'єкт дослідження: інтегрована матриця транскриптомних даних децидуальної тканини плаценти людини, отримана з трьох мікрочіпових платформ Illumina (серії GSE60438 та E-TABM-682) і складена зі 125 зразків із відомою статтю плода та 104 зразків без такої інформації. Предмет дослідження: систематизовані метадані за диференційною експресією X- та Y-специфічних генів і їх використання в моделі машинного навчання для прогнозування статі плода. Мета роботи: розробити й валідувати біоінформатичний пайплайн, що уніфікує дані різних платформ, усуває технічний шум і на основі експресії ключових генів достовірно визначає стать плода у зразках децидуальної тканини плаценти. Матеріали і методи дослідження: сирі файли Illumina WG-6 v3, HT-12 V4 та WG-6 v2; Python 3.12 (gzip, numpy, pandas, scanpy, scikit-learn, matplotlib) та R 4.3.1 (massiR, clusterProfiler, pROC, ggplot2, biomaRt). Використано корекцію батч-ефекту ComBat, PCA та теплові карти для контролю якості, масив-орієнтований алгоритм massiR для попередньої кластеризації, а також логістичну регресію з ознаками clusterID, silhouette width, XIST та 11 Y-генів; оцінка точності здійснювалася 25-кратною крос-перевіркою і ROC-аналізом. Наукова новизна: вперше біоінформатичними методами, які поєднали massiR, логістичну регресію та аналіз експресії гена XIST, за транскриптомними даними мікроарей-технології у децидуальній тканині, визначено стать плода. Додано в НРАТ 2025-11-05 Закрити